من انا

صورتي
الرياض, Saudi Arabia
مسلم، وأناأحوج ما أكون إلى معرفة نفسي

الثلاثاء، 31 يناير، 2012

Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD)

Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD)
الرابد / هو تفاعل PCR ولكن بشكل عشوائي . (عدد البريمر هنا كثير وطولها قصير).
      RAPD is a type of PCR reaction, but the segments of DNA that are amplified are random.إكثار عشوائي لعمل نسخ من دنا ( كل ما نقوم بزيادة عدد البريمر في العشوائي يكون أفضل )
      The scientist performing RAPD creates several arbitraryتعسفي اعتباطي, short primers (8–12 nucleotides), then proceedsيُكمل/ يشرع  with the PCR using a large template of genomic DNA, hoping that fragments will amplify.

      By resolving the resulting patterns, a semi-uniqueنصفي (أشبه بالنوع نفسه) profile can be gleanedجُمعت أو التقطت  from a RAPD reaction.

      No knowledge  لسنا بحاجة لمعرفة of the DNA sequence for the targeted gene is required, as the primers will bind somewhere in the sequence, but it is not certain exactly where.
      من خصائص الرابد أننا لسنا بحاجة لمعرفة التسلسل لـ  دنا  لللجين الهدف المطلوب لأن البريمر سوف يمسك بجزء معين ولا نعرف أين يمسك بالضبط

      This makes the method popularشائعة الاستخدام  for comparing the DNA of biological systems that have not had the attention of the scientific community, or in a system in which relatively few DNA sequences are compared (it is not suitable for forming a DNA databank).
هذه الاستخدامات من الطرق الشائعة للمقارنة بين دنا لأنواع مختلفة أو الأنظمة البيولوجية المختلفة التي لم تلاقي اهتمام المجتمعات العلمية أوفي الأنظمة التي قد قارنت التسلسل لـ دنا القليلة نسبياً .( وهو غير متناسب مع الأشكال في بنك الجينات ).


      Because it relies on a large, intactسليمة  DNA template sequence, it has some limitations in the use of degradedالمتحللة  DNA samples.
     بسبب أنه يعتمد على كمية كبيرة من (دنا) القالب  (ميزته) , ومن عيوبه / 1-  وهو لديه بعض القصور (عيوب) في أنه لا يمكن استخدامه إلا عند توفر الظروف البيئية المناسبة وكمية دنا متوفرة وجيدة .

      Its resolving power  المقدرة على التفرقةis much lower than targetedاقل بكثير من المستهدفة , species specific DNA comparison methods.
 من عيوبه أيضاً / 2- لا تعطيك إجابة شافية 100% وواضحة عن الفروق ( أي المقدرة على التفرقة بين العزلات وبعضها تكون أقل من الطرق الأخرى .
      In recent yearsفي السنوات القريبة , RAPD has been used to characterizeالوصف, and trace التفرقة(أثر), the phylogeny of diverseالمختلفة  plant and animal species.
      (تعريفه)RAPD markers are 10 nucleotide length DNA fragments from PCR amplification of random segments of genomic DNA with single primer of arbitrary nucleotide sequence and which are able to differentiate التميز between genetically distinctبارز  individuals الأفراد البارزين ورائياً    , although not necessarilyبالضرورة  in a reproducible wayطريقة لاستنساخه .
      It is used to analyze the genetic diversityالتنوع  of an individualعزلات  by using random primers.
 • يتم استخدامها لتحليل التنوع الوراثي للعزلات باستخدام بريمرات  عشوائية.

      Due to problems in experiment reproducibility, many scientific journals do not accept experiments merely based on RAPDs anymore.
      بسبب المشاكل في تجارب الاستنساخ فالعديد من المجلات العلمية لا تقبل التجارب القائمة على الرابد بعد الآن



Genetic marker
      A genetic marker is a gene or DNA sequence with a known location on a chromosome that can be used to identify cells, individuals or species.
أو أنواع  تعريفه / هو جين أو تتابع نيوكليوتيدي من مادة وراثية لها موقع محدد على الكروموسوم لتعريف خلايا أو عزلات
      It can be described as a variation (which may arise due to mutation or alteration in the genomic loci) that can be observed.
يمكن وصفها بأنها الاختلاف (والتي قد تنشأ نتيجة لطفرة أو تغيير في مواضع الجينوم) التي يمكن ملاحظتها.
      A genetic marker may be a short DNA sequence, such as a sequence surrounding المحيطة بـ  a single base-pair change (single nucleotide polymorphism, SNP), or a long one, like minisatellites.

      Genetic markers are can be further categorized as dominant or co-dominant.
      Dominant markers allow for analyzing many lociالمواضع  at one time, e.g. RAPD. A primer amplifying a dominant marker could amplify at many loci in one sample of DNA with one PCR reaction.
       هنا يستطيع البريمر إنتاج أو إعطاء أكثر من منتج في الـ بي سي آر

      Co-dominant markers analyze one locusمكان أو موضع  at a time. A primer amplifying a co-dominant marker would yield one targeted product.
 هنا يعطي منتج واحد في الـ بي سي آر أي البند الواحد يعطي منج واحد .






RAPD

      Unlike traditional PCR analysis, RAPD does not require any specific knowledge of the DNA sequence of the target organism: the identical 10-mer primers will or will not amplify a segment of DNA, depending on positions that are complementary to the primers' sequence.
على عكس تحليل PCR التقليدية ، RAPD لا يتطلب أي معرفة محددة من تسلسل الحمض النووي للكائن الهدف : مماثلة في 10 ميه االبريمر أو لن تضخيم قطعة من الحمض النووي، اعتمادا على الموقع التي هي مكملة لتسلسل البريمر.

      For example, no fragment is produced if primers annealed too far apart or 3' ends of the primers are not facing each other.

      Therefore, if a mutation has occurred in the template DNA at the site that was previously complementary to the primer, a PCR product will not be produced, resulting in a different pattern of amplified DNA segments on the gel.
     

Three distinct RAPD profiles generated by primer OPE15 for Haemophilus ducreyi isolates from Tanzania, Senegal, Thailand, Europe, and North America.



Limitations of RAPD


      Nearly all RAPD markers are dominant.
      Co-dominant RAPD markers are detected only rarely.
      PCR is an enzymatic reaction, therefore the quality and concentration of template DNA, concentrations of PCR components, and the PCR cycling conditions may greatly influence the outcome.
       Thus, the RAPD technique is notoriously laboratory dependent and needs carefully developed laboratory protocols to be reproducible.
      Mismatches between the primer and the template may result in the total absence of PCR product as well as in a merely decreased amount of the product. Thus, the RAPD results can be difficult to interpret.

Developing locus-specific, co-dominant markers from RAPDs

      The polymorphic RAPD marker band is isolated from the gel.
      It is amplified in the PCR reaction.
      The PCR product is cloned and sequenced.
      New longer and specific primers are designed for the DNA sequence, which is called the Sequenced Characterized Amplified Region Marker (SCAR).
عيوب العشوائي Limitation of RAPD   :
1- إنها جميعاً نوع عشوائي .
2- نادرة الوجود CO-DOMINANT .
3- هو تفاعل أنزيمي وبالتالي جودة وتركيز الـ DNA وتركيز المركبات (الأنزيم والقواعد النيتروجينية - البرايمر - الأيونات - البفر(المحلول المنظم) ) وهذه جميعاً تؤثر على المنتج .
4- يعتمد على الشغل في المعمل وبالتالي المعمل لابد يكون جودته عالية حتى نستطيع أن نكرره .
5- لو لم يحصل توافق (عدم توافق Mismatches) بين البريمر والقالب template فالبريمر لا يستطيع ............

ليست هناك تعليقات: